Después de dos temporadas en Segunda División B, en la temporada 1997/98 el Málaga CF pasa a manos del empresario Antonio Asensio Pizarro, propietario del Grupo Zeta, que traza un ambicioso plan de ascenso a Primera División en dos años y le confía la presidencia del club al que hasta entonces era vicepresidente, Fernando Puche. El 18 de septiembre de 2012 el Málaga disputó su primer partido en la Liga de Campeones, venciendo por tres goles a cero al que era en ese momento campeón de la Liga Premier de Rusia, el Zenit de San Petersburgo. La temporada siguiente el CSKA encadenó su segundo título de liga consecutivo pese a haber estado gran parte del torneo por detrás del Lokomotiv y el Zenit. Por lo tanto, solo una victoria podría traer título al CDKA, que logró imponerse 3-2 con el gol definitivo anotado nuevamente por Bobrov y conseguía el tercer campeonato de liga consecutivo.
La posterior participación en la Copa de la UEFA fue notable, alcanzando los cuartos de final y eliminando a equipos con larga tradición en competiciones europeas como el Leeds United o el AEK Atenas tras vencer en sus propios estadios con resultados de un gol a dos y cero goles a uno respectivamente. Después de empatar a cero en el primer partido frente al Borussia Dortmund en La Rosaleda, el 9 de abril de 2013 el Málaga sería eliminado de la competición tras caer derrotado por tres goles a dos (Joaquín 24′, Eliseu 82′) en el estadio Signal Iduna Park. Las aguas se calmaron hasta marzo de 2013 cuando Garber anunció que estaba casi todo listo para dar a conocer la nueva expansión hacia finales del mes de mayo, lo que coincidiría con la gira por la ciudad de Nueva York por el final de temporada. La EFAA (Asociación Europea de Agentes de Futbolistas) y la ECA (Asociación de Clubes Europeos) nominaron al Málaga Club de Fútbol, junto al Chelsea FC, el FC Bayern de Múnich, la Juventus FC y el FC Basel como candidato a Mejor Club del año 2013 en los Globe Soccer Awards que se entregan anualmente en Dubái.
En la temporada 2012/13 de LaLiga el Málaga había obtenido el pase para disputar la Liga Europa de la UEFA al clasificarse sexto en el Campeonato Nacional de Liga, pero el 11 de junio de 2013, el Tribunal de Arbitraje Deportivo Internacional rechazó la apelación del club de Martirícos, confirmando la sanción impuesta por la UEFA, una decisión que suponía un laudo sin precedentes en el ámbito jurídico-deportivo del mundo del fútbol, por lo que el Málaga no podría disputar la competición europea a la que legítimamente se había clasificado. El 6 de noviembre de 2012, el equipo se clasifica para los octavos de final de la Liga de Campeones de la UEFA tras empatar a uno en San Siro contra el AC Milan. Dicha clasificación convirtió al Málaga en el séptimo equipo español, tras Real Madrid, FC Barcelona, Valencia CF, Deportivo de la Coruña, Villarreal CF y Atlético de Madrid, futbol store en alcanzar la fase de cuartos de final de Liga de Campeones de la UEFA. Tras una fase regular donde finalizó en tercera posición, el Málaga CF logra disputar los Play offs de ascenso: en primer lugar eliminó al Celta Fortuna (2-2 en Balaídos y 2-1 en La Rosaleda) y posteriormente jugó la final ante el Nástic de Tarragona, venciendo de nuevo por 2-1 en casa y logrando un épico 2-2 a domicilio en el minuto 122 de la prórroga gracias al gol de Antonio Cordero, que supuso el regreso tan sólo un año después a la Segunda División.
El primer gol lo marcó Correa de penalti en el minuto 10. En el 60, Juan Carlos se plató solo frente a César Gálvez y marcó el segundo definiendo con la derecha. En la tanda, tras el fallo de Raúl Procopio por el Cádiz, el Málaga acierta sus cuatro lanzamientos hasta que Antonio Mata erra el definitivo tras parada del exportero malaguista József Szendrei, que en la muerte súbita le detiene otro penalti a Emilio Pérez Rodríguez, privando al club de ascender a Primera División. Después de una temporada 2017-18 caracterizada por el colapso deportivo e institucional, el club desciende a Segunda División tras diez temporadas en la máxima categoría. En la temporada 2008/09, fue elogiado el trabajo y el juego del equipo; siendo un recién ascendido y teniendo uno de los presupuestos económicos más bajos de la Liga, el Málaga CF luchó hasta las últimas jornadas por clasificarse para puestos europeos. Es entonces cuando se decide echar mano del entrenador del filial, Nene Montero, que tampoco logra sacar al equipo de los puestos bajos de la clasificación. El nivel inferior de la gradería fue construido a tiempo y fue abierto en 1998, aunque algunos problemas con los permisos hicieron que no fuera completado en su totalidad hasta el 2001. La construcción de la gradería fue en parte responsable por la crisis financiera del Chelsea que vio a la administración del club caer, antes de que Román Abramóvich se hiciera cargo del financiamiento del proyecto.
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