La temporada 2011/2012 comienza de forma nefasta con seis derrotas en los seis primeros partidos y se llega al parón invernal con la destitución de dos entrenadores: Paco López que fue destituido en la 4.ª jornada y Javi López, destituido en la jornada 18.ª, camisetas futbol 2025 con el equipo a cinco puntos de la salvación. Sin embargo, una posterior racha de victorias consecutivas acompañadas de un fútbol ofensivo que disfrutabamos cada vez más seguido, llevó al equipo a optar por los puestos de play-off de ascenso, un objetivo al que se llegó a estar muy cerca en la jornada 31 a tan solo 3 puntos del 4.ª por aquel entonces el Ceuta y a 4 puntos del 3.ª. Las últimas jornadas del campeonato dejaron sin opciones al F. C. Cartagena, finalizando el campeonato en 8.ª posición. Una mala racha de juego y resultados, y la salida del equipo de la eliminatoria de ascenso a Segunda División hacen que el técnico sea destituido tras la jornada decimosexta, tras haber permanecido 13 jornadas liderando la tabla. Las tarjetas son una forma de hacer cumplir las reglas del juego por parte de los jugadores. Los colores que identifican al club son el negro y el blanco, utilizados en sus inicios con camiseta lisa blanca y pantalón negro y años más tarde también se han usado en forma de rayas verticales.
Su actual uniforme titular se caracteriza por tener camiseta roja, pantalones azules y medias blancas, mientras que el de recambio tiene camiseta blanca con detalles en rojo y azul, pantalones blancos y medias azules. Sólo el club de Mourinho, el Fenerbahçe, defendió a este presidente porque afirmó que los árbitros estaban a favor del Galatasaray. La Roja utiliza este lugar para atender a la prensa. David Amaral empezó la temporada como entrenador pero dimitió a mitad de competición coincidiendo con la marcha de Miguel Torrecilla, en su lugar vino José Luis Montes pero sería destituido por los malos resultados, y Juan Francisco Alcoy tomó las riendas en las últimas jornadas. Ante mi José Ignacio de Caminos, Escribano Público, y Secretario. Posteriormente, una victoria en el estadio del Real Jaén por 1-2 hizo que el conjunto departamental se lo jugara todo ante La Roda CF, situada con los mismos puntos, 42. El encuentro ante el conjunto manchego finalizó con el resultado de 1-1 y, por consiguiente, el club se vio abocado a disputar promoción de descenso, en la que se enfrentaría ante la UD Las Palmas Atlético. Finalizadas las 14 primeras jornadas del campeonato, un tercio de la temporada 2009/2010 y con una victoria sobre SD Huesca por 1-0 en el Estadio Municipal Cartagonova, el equipo cartagenero se situó líder de la Segunda División.
Tras un buen inicio llegó la dimisión de Jesús Aranguren como técnico, provocada por una bronca de la grada tras perder en casa con el RCD Espanyol B por 0-4. La temporada se torció y el Cartagonova tuvo que pelear para lograr la permanencia, asegurándola con 46 puntos en la 13.ª posición. Las reglas no especifican ninguna otra posición de los jugadores aparte de la del guardameta, portero o arquero, pero con el paso del tiempo se han desarrollado una serie de posiciones en el resto del campo. El inicio del segundo tiempo se retrasó dos horas debido a las condiciones climáticas. La directiva, a pesar de la clasificación para las eliminatorias por el ascenso a Segunda División, decidió rescindir el contrato del técnico Pacheta. Con la derrota ante el Recreativo de Huelva por 1-0 en la jornada 41.ª el FC Cartagena se despidió matemáticamente a sus opciones de ascenso a Primera División, finalizando la campaña en quinto posición. En la temporada 2008-2009, con Fabriciano González Fabri en el banquillo, el F. C. Cartagena finaliza la primera vuelta con 37 puntos, coliderando la clasificación junto con el Club Deportivo Leganés. Tras una victoria por 1-2 en el Estadio Nuevo Arcángel de Córdoba frente al Córdoba CF en la jornada 39, el FC Cartagena se situó a falta de tres jornadas para la finalización de la liga, empatado a puntos con el Real Betis y con el Hércules CF en puestos de ascenso, en la pugna por ascender a Primera División.
El Cartagonova tuvo su mejor momento en la primera vuelta, camiseta del manchester united pero en la segunda solo se logró una victoria y terminó en la 12.ª posición. Al comenzar la segunda vuelta el FC Cartagena sigue demostrando las buenas sensaciones de la primera vuelta venciendo a equipos como el Girona FC en casa por 4-1 o Rayo Vallecano a domicilio por 2-3. Finalizadas 28 jornadas, dos tercios de liga, el equipo se afianzó en posiciones de ascenso a Primera División, consiguiendo una importante victoria frente al Cádiz CF por 4-1. A falta de 10 jornadas para la finalización del campeonato (jornada 32.ª) el FC Cartagena se impuso al Real Murcia CF en el Estadio Municipal Cartagonova por 3-2, afianzándose en la segunda posición en solitario de la Segunda División. El 29 de agosto de 2009, el equipo debutó en la Segunda División A del fútbol español, jugando en el Municipal de Montilivi del Girona FC y ganando por 0 a 1. El primer jugador en marcar en la nueva categoría fue Quique de Lucas. Fue una temporada irregular, y solo al final se pudo salvar la categoría con tres victorias consecutivas que dejaron al equipo en la 15.ª posición.